Из 471 пещер, найденных на территории Архангельской области, 140 пещер расположены на территории Пинежского заповедника и его охранной зоны. Суммарная протяженность пещер превышает 50 км. Большинство из них имеют длину в 10-100 м, 19 крупных (>500 м) пещер достигают суммарной протяженности 42,7 км.

Ежегодно обнаруживаются новые, порой значительные по протяженности или по информационной значимости пещеры. Крупнейшим открытием последнего десятилетия является пещерная система Драконья-Карьяловский Провал-Водопадная.

Крупнейшие пещеры территории Пинежского заповедника (более 1 км длиной)

*-пещеры, расположенные в охранной зоне заповедника.

В подземном карсте преобладают субгоризонтальные пещеры туннельного типа, реже встречаются пещеры - лабиринты. Подземный ландшафт образован чередованием коррозионных туннелей и крупных обвальных залов. Объемы залов могут достигать нескольких сотен кубометров. В пещерах обычно прослеживается несколько ярусов проработки. Преобладают пещеры с амплитудой от нескольких метров до 10-15 м. Реже встречаются фрагменты лабиринтных систем, вскрытых современной проработкой.

Как правило, пещеры представляют собой фрагменты магистральных подземных потоков, постоянных или паводковых. На постоянных подземных реках встречаются водопады. Особенностями микроклимата пещер являются низкие температуры воздуха, его высокая влажность, незначительные скорости движения воздушных потоков.

Типичными отложениями пещер являются гравитационные, водно-механические, значительно реже встречаются водно-хемогенные образования: карбонатные натеки, коры, сталактиты и сталагмиты. Широко представлены сезонные и многолетние ледяные образования, отличающиеся большим видовым разнообразием.

В настоящее время самой крупной пещерой территории заповедника является пещерная система Кумичевская-Визборовская протяженность ее превышает 7,2 км.

Пещера Пехоровский провал имеет крупнейший в регионе коррозионный входной колодец с двадцатиметровым водопадом. В пещере Юбилейной, наиболее интересной по своей геологической истории, развиты уникальные вторичные карбонатные отложения, подземный ледник, возраст которого превышает 200 лет, два крупных водопада на постоянном потоке. Все перечисленные пещеры имеют постоянные потоки и интересны как элементы транзита карстовых вод.

В ряде пещер территории происходит периодическое или полное закрытие входов. К ним относятся Конституционная, Медея, Юбилейная (С-26), Сюрприз, Дворец Снежной королевы, Ледяная Волна, Высоцкого, Большая Пехоровская. Но и при закрытии входа пещера продолжает свое существование и дальнейшее развитие. За весь период наблюдений лишь однажды отмечено исключительное явление, когда в 2001 году пещера им. Леонида Земляка (Коневка) была полностью разрушена при крупном фронтальном обвале правобережного обнажения р. Сотки.

За время существования заповедника отмечены существенные изменения в облике подземного и поверхностного карста его территории. Современное рельефообразование связано с активными проявлениями экзогенных геологических процессов.

Гравитационные процессы преобладают в объемном и количественном отношении в привходовых зонах и внутри пещер.

Наблюдаемый рост активности динамических компонентов подземной среды привел к существенным изменениям в облике пещер. Вскрылись ранее известные и новые пещеры, закрыт ряд длительно существовавших пещерных входов. Произошел рост объемов обвальных залов, закрытие либо перепланировка ряда внутренних участков пещер. Значительно увеличилась крутизна наклонно-нисходящих склонов на входах пещер, в связи с подрезкой их основания паводковыми водами.