По климатическим данным вся территория Пинежья (Архангельская область), где расположен государственный природный заповедник "Пинежский", относится к субарктическому поясу. Баланс лучистой энергии отрицательный, составляет более 40 килоджоулей на 1 м²/сек. Это определяет низкие температурные показатели и высокую относительную влажность атмосферы. Для данного района типична среднегодовая минусовая температура. Сезоны года выражены ясно: продолжительная холодная зима, относительно короткое умеренно-теплое и пасмурное лето, достаточно длительные с частой сменой температур весна и осень. Средняя температура января - –14,7˚; июля - +14,3˚. Характерна неустойчивость температуры воздуха, как в зимнее, так и в летнее время, т. е. зимой возможны оттепели, в летний период - заморозки. Продолжительность безморозного периода 85-95 дней. Устойчивые осенние заморозки наступают с середины сентября. Зимний погодный режим устанавливается уже в первой декаде ноября. Ледостав на озерах отмечается с конца октября, на р. Пинеге 6-12 ноября. Активное снеготаяние начинается поздно - в середине апреля, средняя многолетняя дата схода снега - 18 мая, но под пологом леса снег лежит до первых чисел июня. Весной очень часто отмечается возврат холодов, нередко выпадает большое количество осадков в виде снега. Ледоход на р. Пинеге начинается в среднем 5-9 мая. В течение года преобладающими ветрами являются южные, но в позднее-весенний и летний периоды преобладают северные ветра. Следует отметить, что велико количество дней с облачностью (до 280 дней), причем, большее число ясных дней в году отмечается в январе, марте, сентябре.