Лебедь-кликун занесен в Красную книгу Архангельской области как редкий вид, имеющий тенденцию к сокращению численности. Для гнездования птицы выбирают глухие, малопосещаемые людьми озера. Гнездо, как правило, делают на острове. На территории заповедника лебеди уже много лет гнездятся на озере Паловое, в южной части заповедника. Новое, ранее неизвестное гнездо обнаружено на одном из озер Системы имени Д.Н Сабурова, геоботаника и географа, одного из сподвижников организации Пинежского заповедника. Гнездо расположено на небольшом островке, самка еще высиживает яйца, из которых совсем скоро вылупятся птенцы.