В рамках ассоциации заповедник участвовал в проекте ГЭФ “Разработка и реализация учебных программ по повышению квалификации сотрудников заповедников и НП – членов Ассоциации Северо-запада России (ГИС – технологии)”.

С 1999 году началось сотрудничество заповедника “Пинежский” с сельскохозяйственным университетом города Осло (Норвегия). В настоящее время ведутся совместные исследования в области  изучения экологии глухаря и тетерева и   проведение сравнительного анализа популяций этих птиц в России и Норвегии. Начатая работа проводится на высоком техническом уровне  с применением современных методов исследований в полевых условиях. Одним из используемых методов является отлов птиц  и оснащение их радиомаяками. Метод телерадиометрии, позволяет расширить знания о пространственном размещении птиц по территории заповедника, получить новые данные о структуре популяции в течение всего года.

В дальнейшем собранная информация будет сравниваться с аналогичной полученной на территории Норвегии. Целью проводимой работы является выявление различий между популяциями глухаря в условиях коренных северотаежных лесов России и затронутых вырубками различного возраста лесов Норвегии. Полученная информация о различиях в структуре популяций глухаря будет использоваться для разработки рекомендаций по сохранению и увеличению численности глухаря, а также рациональных методов ведения охотничьего хозяйства.

Пинежский заповедник принимал участие в следующих проектах:

• Моделирование генезиса  и функционирования типичных и уникальных северотаежных геосистем, грант РФФИ, № 96-05- 65905, совместно с Институтом Географии РАН; 1996-1998 г.г.
• Параметры и причины повышенного биоразнообразия уникальных карстовых ландшафтов европейского севера России (на примере заповедника  “Пинежский “), проект ГЭФ, задача 5.2.20., совместно с Институтом Географии РАН  и Проблемной лабораторией  МПГУ; 1997-2000 г.г.
• Повышение эффективности экологического мониторинга на особо охраняемых природных территориях; проект НИОКР, 1997 г.
• Изучение динамики и структуры природных комплексов заповедников и формирование баз данных о состоянии природно-заповедного фонда на севере Русской равнины; проект НИОКР, 1998 г.
• Проект  Службы Управления ресурсами рыбы, диких животных и растений США (поддержание материальной базы научного отдела), 1998 г.
• Геокарстологическое картирование территории заповедника; проект НИОКР 1999-2001 г., совместно с сотрудниками Карстового отряда ЗАО Архгеолразведка.
• Проект Службы Управления ресурсами рыбы, диких животных и растений США  « Поддержка работы российских государственных заповедников и национальных парков по экологическому просвещению населения, развитию экологического туризма, а также повышению эффективности службы охраны природы»: Оптимизация использования территории заказника «Голубинский», 2001-2002 гг.
• Разнообразие экосистем Европейского Севера в связи с развитием карста, проект РФФИ  № 02-04-97502,  совместно с Институтом Географии РАН; 2002-2004 гг.
• Проект Фонда Национальных парков «Карст – жемчужина Пинежья» (создание музея карста заповедника), 2003 г.
•  Проект Фонда Национальных парков (поддержание материальной базы отдела охраны), 2004 г.
• Проект  Службы Управления ресурсами рыбы, диких животных и растений США  « Поддержка работы российских государственных заповедников и национальных парков по экологическому просвещению населения, развитию экологического туризма, а также повышению эффективности службы охраны природы» (поддержание материальной базы отдела охраны), 2004 г.
• Динамика и тренды развития карста Европейского Севера в условиях изменения климата и антропогенной деятельности,  проект РФФИ  № 05-05-64819, 2005 -2007 гг.
• Инвентаризация редких видов сосудистых растений, грибов и позвоночных животных на территории Архангельской области в рамках проекта по созданию Красной книги Архангельской области, проект  администрации Архангельской области, 2006 г.,
• Распространение и численность редких видов животных в Архангельской области, проект  администрации Архангельской области, 2007 г.
• Био- и георазнообразие уникальных ландшафтов гипсового карста Архангельской области.